1925年10月，故宮博物院成立，單士元被批準賡續(xù)在院，1930年供職院內(nèi)文獻館，不久，又參加了中國營造學社，是我國歷史檔案事業(yè)創(chuàng)建者之一和中國古建筑早期研究者之一。